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Table 1 Missense changes and truncating mutations in the rdxA gene among 28 clarithromycin-resistant samples

From: Prevalence of clarithromycin resistance in Helicobacter pylori in Santiago, Chile, estimated by real-time PCR directly from gastric mucosa

 

Amino acid positiona

Sample

6

16

31

49

53

62

67

73

75

88

90

97

98

118

123

151

162

166

172

175

183

26695b

Q

R

T

T

H

L

A

N

E

S

R

H

G

A

V

V

G

P

V

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EN05

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A

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EN07

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T

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EN11

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K

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I

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EN15

H

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EN16

H

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EN20

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H

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T

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I

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EN30

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Y

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S

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EN33

H

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Q

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EN36

H

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X d

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EN42

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S

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I

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Q

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K

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I

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V

EN82 c

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EN89

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E

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Y

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T

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EN97

H

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K

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S

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T

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I

Q

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EN115

H

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EN117

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E

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I

Q

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EN125

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.

T

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.

.

.

I

Q

.

EN131

.

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EN137

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E

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.

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Y

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.

T

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EN148

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E

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I

Q

V

EN155

H

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X d

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EN161

H

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R

V

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P

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S

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.

L

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I

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EN167

H

.

E

.

.

.

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.

.

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.

Y

.

.

T

.

Rd

.

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EN179

H

.

E

.

.

.

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.

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.

T

.

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I

Q

V

EN187

.

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M

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EN190

H

H

E

.

.

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K

.

.

T

.

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  1. a(.): same amino acid as for reference strain
  2. bCorresponds to amino acid sequence of RdxA from strain 26,695
  3. cIn-frame deletion of 39 nucleotides which causes the deletion of amino acids 80 to 92
  4. dCoexistence of both nucleotide substitutions in the same sample. X: Stop codon
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BMC Gastroenterology

ISSN: 1471-230X

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